M&A 딜을 설계할 때 세금은 구조 선택의 핵심 변수다. 같은 회사를 같은 금액에 거래하더라도 주식 양수도(Share Deal)로 하느냐, 영업양수도(Asset/Business Transfer)로 하느냐에 따라 매도자와 인수자 각각이 부담하는 세금이 크게 달라진다. 그리고 대부분의 경우 매도자에게 유리한 구조와 인수자에게 유리한 구조가 서로 반대 방향을 가리킨다. 이 이해충돌이 딜 협상의 또 다른 전선이 된다.
이 글에서는 두 가지 거래 구조에서 발생하는 세금을 매도자·인수자 입장으로 나누어 정리하고, 실무에서 어떤 기준으로 구조를 선택하는지를 다룬다. 단, 세금은 개별 상황에 따라 달라지므로 실제 거래 전에는 반드시 세무 전문가와 함께 검토해야 한다.
주식 양수도 (Share Deal)
매도자 측 세금
① 양도소득세
주식을 팔아 이익이 생기면 양도소득세가 부과된다. 비상장법인 주식을 양도하는 경우 대주주·소액주주 구분에 따라 세율이 달라진다.
- 소액주주: 중소기업 주식은 10%(지방소득세 포함 11%), 중소기업 외는 20%(지방소득세 포함 22%)
- 대주주: 과세표준 3억 원 이하분 20%, 3억 원 초과분 25% (지방소득세 별도)
여기서 대주주 판단 기준이 중요하다. 지분율이나 보유금액 기준으로 대주주에 해당하면 세율이 올라간다. 특수관계인 지분을 합산해서 판단하기 때문에, 본인 지분만 보고 소액주주라고 착각하는 경우가 있다.
양도차익은 양도가액 – 취득가액 – 양도비용으로 계산한다. 여기서 취득가액을 어떻게 증빙하느냐가 실무에서 중요한 포인트다. 초기에 낮은 액면가로 취득한 주식이라면 취득가액이 낮아 양도차익이 커지고, 그만큼 세 부담이 늘어난다.
② 증권거래세
주식 양도 시 양도가액의 0.35%(비상장 기준, 2025년 기준)가 증권거래세로 부과된다. 양도소득세 계산 시 필요경비로 차감할 수 있다.
③ 법인이 매도자인 경우
법인이 보유하던 주식을 매각하면 주식 양도차익이 법인의 사업소득에 합산되어 법인세로 과세된다. 법인세율은 과세표준 구간에 따라 9%~24%(2023년 이후 인하된 세율 기준)가 적용된다. 개인 양도소득세와 달리 다른 소득과 통산되기 때문에, 해당 사업연도의 전체 손익에 따라 실효 세율이 달라진다.
인수자 측 세금
④ 과점주주 간주취득세
주식 양수도에서 인수자가 부담하는 가장 큰 세금이다. 비상장법인 주식을 취득해 과점주주(특수관계인 포함 지분율 50% 초과)가 되면, 해당 법인이 보유한 취득세 과세 대상 자산(토지, 건축물 등)을 취득한 것으로 간주해 취득세를 부과한다.
간주취득세 계산식:
과세표준 = 법인 보유 과세 대상 자산 장부가액 × (인수 지분율 / 100)
간주취득세 = 과세표준 × 2.2% (취득세 2% + 농어촌특별세 0.2%)법인이 부동산을 많이 보유할수록 간주취득세 부담이 커진다. 제조업·물류업처럼 공장이나 창고를 많이 보유한 법인을 주식으로 인수할 때 이 세금이 상당한 금액으로 나오는 경우가 많다.
단, 과점주주가 되기 이전부터 이미 과점주주였던 경우는 기존 보유 지분에 해당하는 부분은 과세 제외된다. 즉, 지분율이 증가한 부분에 대해서만 간주취득세가 부과된다.
⑤ 과점주주의 제2차 납세의무
인수 후 과점주주가 된 사람은 법인의 세금을 법인 재산으로 납부하지 못할 경우, 자신의 지분율에 비례해 부족분을 연대해서 납부해야 하는 제2차 납세의무를 진다. 인수 전 법인에 누락된 세금이 있다면 인수자에게도 불똥이 튄다. 이것이 M&A 실사에서 세무 실사(Tax DD)가 반드시 포함되어야 하는 이유다.
영업양수도 (Asset/Business Transfer)
영업양수도는 회사 자체(법인격)가 아닌 사업 자산과 부채를 개별적으로 이전하는 방식이다. 영업 전체를 넘기는 포괄적 영업양도도 있고, 특정 사업부문만 이전하는 부분 영업양도도 있다.
매도자 측 세금
① 법인세 (법인이 매도자인 경우)
법인이 영업을 양도하면 자산 처분 이익이 법인의 과세소득에 합산된다. 개별 자산마다 장부가와 양도가의 차이가 발생하고, 이 차익 전체가 법인세 과세 대상이 된다. 유형자산(토지, 건물, 기계), 무형자산(영업권, 특허 등), 재고자산 등 양도 자산의 성격에 따라 과세 방식이 달라질 수 있다.
특히 토지는 별도로 법인세에 더해 법인세 추가납부(토지 양도 법인세 추가세율) 이슈가 생길 수 있어 사전 검토가 필요하다.
② 부가가치세 (VAT)
영업양수도에서 가장 먼저 마주치는 세금 이슈가 부가가치세다. 원칙적으로 사업자가 재화나 용역을 공급하면 부가가치세가 과세된다. 영업 자산을 양도하면 재화를 공급하는 것으로 보아 10% 부가가치세가 발생한다.
단, 사업을 포괄적으로 양도하는 경우(포괄양수도)에는 부가가치세가 면제된다. 부가가치세법 제10조 제9항에 따라 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 조건을 충족하면 부가세 과세 대상에서 제외된다.
포괄양수도로 인정받으려면 단순히 자산만 넘기는 것이 아니라 사업의 동일성이 유지되어야 한다. 영업권, 인허가, 주요 계약, 인력 등이 함께 이전되어야 하며, 단순 자산 매각은 포괄양수도로 인정받기 어렵다. 포괄양수도 해당 여부는 실무에서 자주 다툼이 생기는 지점이다.
③ 양도소득세 (개인이 매도자인 경우)
개인 사업자가 사업을 양도하면 양도소득세 또는 사업소득세가 부과된다. 영업권은 기타 소득 또는 사업소득으로 과세될 수 있어 구분이 중요하다.
인수자 측 세금
④ 취득세
영업양수도에서 토지·건물 등 부동산을 취득하면 취득세가 부과된다. 취득가액에 세율을 적용해 산출한다. 일반적인 부동산 취득세율이 적용되며, 물건 유형에 따라 1%~4% 범위에서 달라진다.
주식 양수도의 간주취득세(2.2%)와 직접 비교하면 취득세 세율이 더 높게 나올 수 있지만, 취득 자산의 실제 취득가액 기준이라는 점에서 과세표준 계산 방식이 다르다.
두 구조의 세금 비교 요약
| 구분 | 주식 양수도 | 영업양수도 |
|---|---|---|
| 매도자 세금 | 양도소득세(개인), 법인세(법인), 증권거래세 | 법인세(법인), 양도소득세(개인), 부가가치세 |
| 인수자 세금 | 과점주주 간주취득세 (부동산 장부가 기준) | 취득세 (실제 취득가 기준) |
| 부가가치세 | 없음 | 원칙 과세 (포괄양수도 시 면제) |
| 숨은 세금 리스크 | 제2차 납세의무, 우발성 조세채무 | 개별 자산별 과세 이슈 |
| 세 부담 일반 경향 | 매도자 유리, 인수자 불리(부동산 많을 경우) | 매도자 불리(부가세 부담), 인수자 유리(비용 처리 가능) |
실무에서 구조 선택의 기준
매도자가 주식 양수도를 선호하는 이유
매도자, 특히 개인 대주주 입장에서는 대부분 주식 양수도를 선호한다. 이유는 단순하다. 영업양수도로 자산을 팔면 법인 단계에서 법인세가 나오고, 그 이후 남은 자금을 배당이나 청산으로 개인에게 귀속시킬 때 또 한번 소득세가 과세되는 이중과세 구조가 생긴다. 반면 주식 양수도는 주식에 대한 양도소득세 한 번으로 정리된다.
또한 주식 양수도는 거래 절차가 단순하다. 자산별로 소유권을 이전하고, 계약을 재체결하고, 인허가를 다시 받는 번거로운 과정이 없다. 법인의 모든 계약 관계와 영업 허가가 자동으로 승계된다.
인수자가 영업양수도를 선호하는 이유
인수자 입장에서는 반대로 영업양수도가 유리한 경우가 많다.
감가상각 혜택: 영업양수도로 자산을 취득하면 취득가액을 기준으로 감가상각이 가능하다. 주식 양수도는 법인 자체를 인수하는 것이라 법인 장부상 자산의 기존 감가상각 스케줄이 그대로 이어진다. 시장가치보다 장부가가 낮은 자산이 많은 회사라면, 영업양수도가 인수자에게 더 큰 비용 처리 혜택을 준다.
선별적 인수 가능: 원하는 자산만 골라 인수할 수 있다. 주식 양수도는 좋은 것도 나쁜 것도 모두 떠안아야 하지만, 영업양수도는 부실 자산이나 특정 부채를 제외하고 필요한 것만 가져올 수 있다.
우발부채 회피: 주식 양수도에서는 인수자가 법인의 기존 세금 리스크, 소송, 우발부채를 모두 승계한다. 영업양수도는 명시적으로 계약에서 이전하기로 한 자산과 부채만 인수자에게 넘어오기 때문에 숨겨진 리스크를 차단할 수 있다.
부동산 과다 법인의 특수 이슈
부동산이 자산총액의 50% 이상을 차지하는 법인의 주식을 개인이 양도할 때는 일반 주식 양도세율(10~25%)이 아닌 특정주식으로 분류되어 부동산 양도세율(누진세율 최고 45%)이 적용될 수 있다. 단순히 “주식으로 팔면 세율이 낮겠지”라는 생각이 부동산 과다 법인에서는 완전히 빗나갈 수 있다. 법인 자산 구성을 먼저 확인해야 하는 이유다.
세금 외에 고려해야 할 사항
세금만 놓고 구조를 결정하면 안 된다. 실무에서는 다음 요소들을 함께 고려해야 한다.
계약 및 인허가 승계: 영업양수도에서는 주요 거래 계약, 임대차 계약, 사업 인허가를 개별적으로 재체결하거나 양도 동의를 받아야 한다. 인허가가 인적 요소에 결부된 경우(특정 자격증 보유자 명의 등)는 이전 자체가 불가능한 경우도 있다.
직원 고용 승계: 영업양수도에서는 근로기준법상 고용 승계 의무가 발생하는 경우가 많다. 인수자가 원치 않는 직원도 함께 넘어올 수 있다는 점을 미리 고려해야 한다.
거래 속도: 주식 양수도가 영업양수도보다 절차가 단순해 거래 속도가 빠르다. 자산 이전과 계약 재체결에 시간이 걸리는 영업양수도는 그만큼 클로징이 늦어진다.
마치며
주식 양수도 vs 영업양수도 선택은 세금만의 문제가 아니지만, 세금이 구조 선택에서 가장 큰 영향을 미치는 변수인 것은 사실이다. 매도자는 이중과세를 피하기 위해 주식 양수도를 원하고, 인수자는 감가상각 혜택과 우발부채 회피를 위해 영업양수도를 선호하는 경우가 많다. 이 간극을 좁히는 방법으로 가격 조정이나 구조 변형이 협상 테이블에서 논의된다.
어떤 구조가 유리한지는 법인의 자산 구성, 매도자의 취득가액, 인수자의 사업 계획에 따라 케이스마다 다르다. 반드시 딜 초기에 세무 전문가와 함께 시뮬레이션을 돌려보는 것이 현명하다.
References
- 소득세법 제94조, 제104조 — 주식 양도소득세 과세 대상 및 세율
- 지방세법 제7조 제5항 — 과점주주 간주취득세 규정
- 부가가치세법 제10조 제9항 — 포괄양수도 부가가치세 면세 규정
- 한국벤처캐피탈협회. (2023). 스타트업 M&A와 세금 문제. https://narangdesign.com/mail/kvca/202308/e1_1.php — 주식 인수자 측 세금 이슈(과점주주 간주취득세, 제2차 납세의무) 정리
- ZUZU. (2025). M&A 쉽게 이해하기 – 세제 편. https://zuzu.network — 주식·영업양수도별 과세 구조 요약
- 헬프미 법률사무소. (2025). 비상장 주식 양도 절차 총정리 & 세무처리. https://www.help-me.kr — 간주취득세 계산식 및 신고 절차